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到一七八零年，哈佛学院已先后建立了神学、数学和自然哲学、医学等教授讲座，学院升格为大学。按照欧洲中世纪大学的传统，必须拥有三个学院的联合体，才够格称为大学，当时马萨诸塞州议会竟破格承认哈佛学院升格为大学，这既是厚爱，也是鞭策。哈佛大学继续抓紧自身建设，一八一六年设立了神学院，一八一七年设立了法学院，加上原有的以文理为主科的哈佛学院，一共有了三个学院，成为名副其实、名正言顺的大学了。
十九世纪上半叶，哈佛大学的影响已超出马萨诸塞之外，及于美国中部和南部。在北美独立战争初年，哈佛学院的基金，连同地产的租金在内，不足一千七百英镑。战后的一七九三年，哈佛的基金已超过十八点二万美元。到了十九纪，由于校友的赞助，哈佛大学的基金稳步上升，一八六九年为二十四点二万美元，一八六九年为二百二十五万美元。
在此期间，哈佛大学的课程设置有了较大的变化。年，哈佛大学开设了拉丁文、希腊文、数学（包括天文学）、英文写作、哲学（包括形而上学、道德和政治）、神学、自然科学，希伯来语和法语两科由学生任选一科。哈佛大学课程的变化，在很大程度上是由于受德国高等教育改革的影响。在此时期，德国著名教育家威廉.洪堡关于大学教育改革提出了著名的三条原则：独立性；自由与合作二者统一的原则；教育与研究统一的原则和科学统一的原则。洪堡不仅提出了大学改革的理想，并在他倡办的柏林大学中付诸实践，提倡学术自由，教育与科研相结合，柏林大学成为德国新型大学的榜样。在哈佛大学任教的一些青年教授，曾经留学德国，受到德国大学的影响，他们要求改变英国大学的模式，转而以德为师，效法德国大学的一套制度。一八二五年，有四位青年教授联名提出四项改革意见：减少古典文学课程的比重；重视对现代外国文学的研究；设立研究生的学位制度；按照学生的能力分班教学。这四项意见当时未被采纳。
一八二九年，昆西出任哈佛大学校长，他大刀阔斧，极力扭转哈佛大学的方向，大力倡导重视理科的教学。他任职十六年，在哈佛大学办起了理学院，建立了一座天文台。十八世纪和十九世纪，随着哈佛大学的发展，学校课程内容范围扩大了，重点转换了，自然科学受到了极大重视。一八六九至一九零九年，化学家埃利奥特担任哈佛大学校长，他任职四十年，把哈佛大学建设成为了一座规模宏大的现代化大学。他使法学院、医学院获得了新的活力，并且新建了商业管理学院、牙医学院、文理学院，注册学生从一千人上升到三千人，教学人员从四十九名增加到两百七十八名，学校基金从两千三百万万美元增加到二点二五亿美元。
一九零九年一九三零，洛厄尔担任哈佛大学校长，他重新制定了大学本科生课程计划，实行课程的集中与分配相结合的制度，以便使学生受到良好的基础教育。洛厄尔实行的导师制，至今仍被哈佛大学沿用。洛厄尔最突出的贡献是在哈佛大学实行住宿制度，这一制度的实施使得在大型的综合大学中，本科生都有一个小型的学院环境，新生入学后的第一年住在哈佛校园内或附近的宿舍中，一年以后，学生们分住在十二幢宿舍楼内，还为少数走读生设置了第十三幢宿舍楼。每幢宿舍楼内有一位住校教师和一个导师组，指导学生的学习和生活。此外，每幢宿舍楼还设有餐厅、图书馆，在宿舍楼区，经常开展各种有趣的体育、社会和文化活动。而且洛厄尔以身抗击，保卫哈佛教授穆斯特伯格与拉斯基，导致了这两位教授安在。近几届的几位校长，科南特，普西，博克和现任校长陆登庭等都对哈佛大学的建设作出了巨大的努力。他们一方面千方百计地提高本科生和研究生的教育质量，同时也尽力发挥哈佛大学作为研究机构的出类拔萃的作用。
科南特一九一九年至一九五三历任哈佛大学化学系教授、系主任、校长，他在哈佛大学实行校外特别委员会制度，用这个机构来评议学校教师的资格和任期。他还创建了一项普通教育方案，除主修课程以外，向所有本科生提供广泛的学习领域。一九五三年一九七一年，普西任校长，在他的主持下，哈佛大学进行了美国高等教育史规模最大的募捐活动，为哈佛筹集资金达八点二五亿美元，这项活动提高了哈佛大学教师的薪金，扩大了对学生的资助，建立了新的教授职位，充实了教学设备。一九七一年以来，博克担任校长，他精心处理了高等教育中一些主要问题，包括行政管理、少数民族和妇女受教育的机会以及学术界与工业界之间的技术转换等问题，博克校长还重新组织了哈佛大学的管理机构，把现代化的管理方法和程序引进到哈佛大学的各个研究生院和各个系科。一九九一年，陆登庭出任第二十六任校长，作为更好地协调各学院和教师关系的一部分，他开创了一个集中的全校范围的学术计划，目的是辨别出哈佛最主要和优先的部分。另外，陆登庭还强调大学的责任：优秀的本科教育，大学的门始终向不同经济阶层的人敞开，研究型大学如何适应信息快速增长和严重财政约束的时代，在一个自由表达的社会中迎接挑战。
哈佛法学院哈佛法学院创立于一八一七年，虽然比大学部建校晚几近两百年，仍是美国最古老的法学院。传承着常春藤盟校的盛名，哈佛大学前后曾经栽培过八任美国总统，逾四十位教授或校友曾获诺贝尔奖，大学部及法学院向来皆列全美排行前三名。与多数美国法学院一样，哈佛法学院提供三个主要的学位学程，jd、ll.m.以及s.j.d.。此三学程虽各有不同的入学资格及学位条件，但在法学院每年提供的二十五门左右的课程或小班讨论课中，不同学程的学生混杂一起上课。至于非学位的部分，除了来自全球各地的访问研究之外，尚有例行短期课程，包括xxx研究、回教法研究、国际税法研究、协商研究、律师实务课程等。
哈佛商学院美国教育界有这么一个说法：哈佛大学可算是全美所有大学中的一项王冠，而王冠上那夺人眼目的宝珠，就是哈佛商学院。建校七十九年的哈佛商学院是美国培养企业人才的最著名的学府，被美国人称为是商人、主管、总经理的西点军校，美国许多大企业家和政治家都在这里学习过。在美国五百家最大公司里担任最高职位的经理中，有五分之一毕业于这所学院。哈佛工商管理硕士学位成了权力与金钱的象征，成了许多美国青年梦寐以求的学位。哈佛商学院是一个制造“职业老板”的“工厂”，哈佛的mba人人都疯狂地关心企业的成长和利润，他们有着极强的追求成功的冲动，和自命不凡的意识，他们是商业活动中的职业杀手。mba平均年薪可达十万美金以上，以致美国人指责mba的第一条缺点就是他们的身价太高。哈佛商学院每年要招收七百五十名两年制的硕士研究生、三三十名四年制的博士研究生和两千名各类在职的经理进行学习培训；暑期还要招收学制六周的“专业管理（如医疗卫生管理、大学及学院管理等）进修班”。全年可以开设政策、决策、计划、控制、财务、市场、生产运行、科技开发、组织结构、行为科学、数学方法、计算机技术等一百多门课程。哈佛商学院是如今美国最大、最富、最有名望，也是最有权威的管理学校。哈佛商学院的基金达二点五亿美元之巨，比美国所有其他管理学校的总和还多。一、最大哈佛商学院成立后第一期招生数仅五十九名，到一九一六年增至一百四十二名，但受第一次世界大战的影响，一九一八年仅招收了十八名学生，为哈佛商学院历史上招生人数最少的一年。随着战争的结束，学生数激增，一九一九年招生人数高达四百一十二人。目前哈佛商学院每年招生八百名左右，包括工商管理博士、在职管理人员课程学生，在籍学生数达四千多人，此规模为美国之最。二、最富哈佛商学院除以高额学费著称，收入颇丰之外，最主要的还是其具有高超的筹资技巧。与世界大公司、大银行的成功的联姻攀亲使商学院的基金高达二点五亿美元，比美国所有其他管理学院的总和还多。其每年年度预算高达一亿美元。哈佛商学院的生财之道五花八门。《哈佛商业评论》以及哈佛商学院出版社的出版物为哈佛商学院带来丰厚的收益，学生们每人需付两千多美元购买案例资料，需花九百美元月租去住学校提供的一居室宿舍，要利用学院的健康中心，还要为毛巾和衣柜另行付费，连学生们被写进校权会名录也要惦费。校友会的一项重要活动——捐款，也是学院的财路之一，一九九五年竟然创记录从历届毕业生中募集两千万美元。所在地的一切都说明了哈佛商学院的生意经不是空泛的理论，哈佛的行政管理者可谓是非常高明的“企业家”。三、最有名望哈佛商学院的名望，不仅是由于她首创了mba学位，也不仅是因为她在管理教学中首创了案例教学法，还不仅是基于她拥有一个庞大的明星教授群，而是因为她确确实实向社会输送了大批极其优秀的人才。正是这些毕业生在社会上的卓越表现，才使哈佛商学院扬名世界。美国《幸福》杂志的调查显示，美国五百家最大公司的高层管理人员中，有大约百分之是哈佛商学院的毕业生。他们活跃在各公司的总裁、总经理、董事长等等显赫位置上。他们所经营和管理的公司，是全美、甚至全世界声名卓著、资产雄厚、独霸一方的超级企业。因为他们为社会和经济发展所做出的贡献，为世人所肯定和尊重，才使他们的母校成为人们心目中超一流的学府。不少人将哈佛商学院的mba证书，看作是进入高级管理阶层的通行证。
哈佛设计学院与麻省理工学院一街之隔的便是美国历史最悠久的哈佛大学。哈佛大学设计学院以建筑、环境艺术、城市规划、数码设计为主，尤以环境艺术为特色。与耶鲁、mit一样，哈佛大学竞争非常激烈。就读研究生的本科成绩须十分优秀．学院不论本科阶段所学专业（学习医学、法律均可）都可以申请就读。但如本科是学习建筑专业，硕士阶段只需学习一年半，而本科为非建筑专业的要学习三年时间，整个设计学院的教学区仅有一间极大的教室。教室有如一个体育馆，一年级的新生在教室台阶的最上层，目的是好让新生看见高年级的同学做什么。年级在最高的同学则在台阶的最下层，申请就读哈佛大学设计学院需要提交作品集，素描是必须的，申请城市规划的硕士不需要设计作品集（但如果有设计、艺术背景，并提交艺术，设计作品集会更好）；未提交艺术，设计作品集的申请者需要提交研究论文或报告。没有设计背景而被录取的，需要在秋季课程开始之前的夏季参加哈佛大学设计学院举办的为期一个月的夏季课程。申请者还需提交本科学位证明。若申请纯建筑专业，在中国的大学学习机械物理（方向为力、光、声）的更受欢迎。在中国的申请者，要考试gre。gre的成绩在机考后的十五天内会到哈佛设计学院，每门最好均高于六百分，申请材料在准备完全后应全部提交录取办公室，关于作品集，各种设计作品及设计风格都被接受。申请人的推荐倌、简历、自述信等都是必须的。
几个主要的研究生院的著名系、部还有：文理学院的生物化学与分子生物学系、生物科学部、应用科学部、计算机技术研究中心、地质学系、化学系等；医学院的细胞与进化生物学系、微生物与分子遗传学系、神经生物学系、生物化学系、生物学与生物物理学系、药物学系、免疫学委员会、与mit合建的健康科学部等；公共卫生学院的微生物学系；设计学院的建筑系和设计专业等；教育学院的管理、计划和社会政策专业，教学、课程和学术环境专业，人的发展、阅读和咨询心理专业等。
哈佛大学本科生课程中的生物、化学、地质学、数学、物理、经济学、英文、历史、政治科学、社会学、心理学在全美排名前五名。政府研究、经济和社会研究更为突出。哈佛大学首推为美国最好的大学，赢来了举世公认的学术口碑和崇高的国际声誉。
哈佛商学院是美国的顶尖商学院，享有极高的国际声誉。每年美国大学商学院的mba课程招生中哈佛商学院的申请人数是最多的（一直维持在六千人以上，而只录取八百人左右），也是竞争最激烈的。
在世界各大报刊以及研究机构提供的排行榜上，哈佛大学的排名经常是世界第一。该大学在世界品牌实验室编制的二零零八年度《世界品牌五百强》排行榜中名列第一。例如在久负盛名的《美国新闻周刊》排名上，哈佛常年排名首位。在二零零七年万维网的世界大学排名里，哈佛大学排名世界第二（仅次于麻省理工学院）。美国princetonreview在二零零六把哈佛大学在全美“最难申请上的大学”里排名第四。今天哈佛大学无论是在美国还是全世界都有重要影响力，也是竞争最激烈的大学之一。但是，一个二零零七年最新的报告指出麻省理工学院在对近代科学“革命”的贡献目前领先，是二十一世纪培养诺贝尔奖得主最多的大学；同一批报告指出，哈佛大学对科学研究的贡献已在近年来衰弱了许多，而且哈佛传统的教学方法在本世纪已跟不上麻省理工学院的尖端高科技教法。
现在要提的是哈佛商科研究生院，它是mba就读学校申请人数最多的研究生院，一直维持在六千人以上。九十年代初，哈佛商科研究生院的mba课程被批评为‘个案比较空洞、不切实际‘、‘观点不够国际化‘等等。从一九九六年开始，它的mba课程作出了重大的改革，其中最惹人注目的就是,修读期从两年缩短为十六个月，课程方面加强了‘领导者训练、如何作出决定、商业道德、团队精神以及分析能力‘等内容。哈佛大学的医学研究生院和法学研究生院，也是全美闻名。RO