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将德川家康和石田三成这两个心腹之患请出大坂后，照理说，秀保总算是可以静下心来处理政务了，但事实却并非如此。
经历此番大战，秀保已然开始在日本慢慢确立起了统治地位。在军事上，秀保依靠自身实力和安插在各地的盟友保持着绝对的优势；在政治上，他以秀赖后见的名义把持着丰臣政权的中枢，也是不可撼动；在经济上，他凭借庞大的石高和对勘合贸易的垄断，已经将丰臣宗家和其他大名远远甩在身后。
可就是在这样的形势下，大坂内外还是时不时地传出一些杂音，这主要还是在于秀保彻底废除了大老奉行制度。事实上，秀保当初和前田利政、宇喜多秀家、浅野长政说的比较模糊，只是明确废除了大老奉行联席会议，但还是保留了上述三人大老、奉行的职务，一定意义上仍让大老奉行制度苟存下去。但随着形势对秀保逐渐有利，且为了排除宇喜多秀家这个“不确定因素”对自己的威胁，他心中一横，索性彻底废除了这个延续了近三年的制度。取而代之地，是秀保和家臣精心炮制的“七司九曹十二所制”。
回溯镰仓幕府和室町幕府乃至丰臣政权的发展历程，对最高掌权者取而代之的，往往是其初期最为依仗和信赖的力量：源赖朝的妻族北条氏以“执权”之职总揽幕府大权；为足利尊氏建立幕府立下赫赫大功的“三管四职”却以“应仁之乱”为室町幕府敲响了丧钟；丰臣秀吉在世时低眉顺眼、恭恭敬敬的大老奉行们，转眼间就成了吃人的猛虎，将丰臣氏的天下撕个粉碎。
为了避免重蹈覆辙，秀保必须制定出一个全然不同以往的崭新制度。
“可以有权，但不能专权。”席间藤堂高虎的一句话点醒了秀保：如今形势大好，为何不效仿大洋彼岸的大明，一举强化中央集权呢？经过多个昼夜的商讨谋划，参考历史上中日两国的发展历程，结合日本当前实际，秀保最终一锤定音，“七司九曹制”应运而生。
七司，作为丰臣政权名义上最高的行政机构，源于五奉行职能的分解细化，由强力大名居住伏见担任最高长官“司判”，主要包括以下七部分：
武卫司：丰臣政权的最高军事机关，负责全国范围内军队的征调；
布政司：丰臣政权的最高民政机关，负责全国范围内的民政事务，最主要的是各地代官的任免，大名家中家老变动的批准，以及后续即将推进的科举诸事宜；
都察司：丰臣政权的最高司法机关，主管全国刑罚政令及审核刑名；
度支司：掌管全国土地、赋税、俸禄、粮饷、财政收支；
秉礼司：掌管寺社祭祀、陵寝之礼乐及制造典守事宜，负责与皇室对接；
营缮司：掌管全国工程事务，各地城池修缮普请皆需按规定向其报请批准；
勘合司：掌管海外贸易，由秀保直接委派大名兼任。
九曹，作为秀保直属的政策执行传达机构，类似汉代丞相府中的曹属，直接听命于秀保，负责将七司的决策和建议递交给秀保进行最终决断，拥有对七司政策的指导权和建议权，多由秀保谱代家臣担任最高长官“曹掾”。虽说名义上只是秀保的私人机构，但实则成为压制和削弱七司的重要力量。主要包括以下九部分：
兵曹：又称东曹，军势征调的最终审核和报批，大名麾下军势规模摸排和督查，对接武卫司；
吏曹：又称西曹，各地代官、大名家老变动的最终审核和报批，对接布政司；
市曹：负责全国各地市井治安的维持（有专属军势），大名城下町建设的最终审核和报批，对接布政司；
刑曹：刑法政令的最终审核和报批，对接都察司；
户曹：户籍、军需的最终审核和报批，对接度支司；
税曹：税收征缴入库、政策制定的最终审核和报批，对接度支司；
奏曹：主掌与皇室、寺社对接，与“武家传奏”关系紧密，对接秉礼司；
工曹：各地工程建设、城池普请的最终审核和报批，对接营缮司；
监曹：对各地代官、大名行为的监督和记录，对行为不端、意图不轨者及时上报并采取措施，不对接所司，具体人员构成不明。
综上可知，七司制度是对之前大老奉行制度的继承，地位名义上也与之前大致相当，而九曹皆为秀保直属，虽独立于丰臣政权之外，却拥有最终的决定权。个中深意不言而喻，就是要将丰臣宗家掌握的权力进一步向大和丰臣氏转移，避免再次发生强力大名占据中央，挟天子以令诸侯的情况发生。
基于这一目的，秀保确定了首批司判和曹掾的人选：
武卫司：加藤清正；布政司：前田利政；都察司：宇喜多秀家；度支司：浅野长政；秉礼司：片桐且元；营缮司：池田辉政；勘合司：后藤基次。
兵曹：岛清兴；吏曹：藤堂高虎；市曹：那须资吉；刑曹：福岛高吉；户曹：小笠原忠请；税曹：桑山一晴；奏曹：长束正家；工曹：武田胜亲；监曹：浅井秀政。
除此之外，为更好地将中枢的政策落实到各地，同时避免七司专权瞒报，秀保还在七司之下陆续设置了赋别、安堵、官途、寺社、普请、锻钱、贡举、检使、目付、护卫、造营、宿驿等十二所，选取心腹家臣及亲近大名家中宿老重臣担任奉行，负责政策的切实执行，并将执行情况及时向七司和九曹反馈。
如此一来，取代大老奉行制的“七司九曹十二所”制度在秀保的强压下，于会津之战的第二年，即庆长六年正月正式施行。司判、曹掾皆妥善安排好领内事务进驻伏见城办公，十二奉行也在随后的三个月中陆续赶来伏见，接受秀保的任命和安排。
有人说，“七司九曹十二所”是对丰臣秀吉制度的推翻重来，是秀保强化自身权力的一项强有力的举措；也有人说秀保还是顾及了丰臣宗家的颜面，七司判中除了后藤基次，皆为受过太阁恩典的大名，且十二所仍以“奉行”为首，也算是变相保留了“奉行”之职，对宗家和尾张派也算是有所交代。
可事实上，此处的十二奉行与当初总揽中枢大权、动辄可以调动千军万马的五奉行相比，实在不值一提，奉行的职责也从主动地决策指挥变成了被动地执行。
不仅如此，名义上七司取代了大老奉行的地位，成为新的决策机构，但在九曹和十二所的压制和牵制下，他们的权力遭到很大地限制和削弱。特别是随着秀保在各地势力的不断深入和巩固，九曹的权力大大增强，秀保一手扶植的十二所也对七司阳奉阴违，从接受七司的命令逐步转变为接受秀保的直接领导。
因此，后期七司权力逐渐萎缩，职能也由决策机构变成了咨询机构，近乎成了可有可无的存在，不少司判自觉驻留伏见无可作为，便向秀保申请返回领地，致使七司时常出现空缺，这更是加速了七司的衰落，助推秀保势力的壮大。中途，虽有片桐且元等人坚持维护七司的权威，但无奈大势已去，最终难有起色。
当然，这些都是后话了，至少在“七司九曹十二所”刚成立时，不论是丰臣宗家还是各地大名大都还是认可的，毕竟有前车之鉴，谁也不希望再出现一个能左右国家政策、架空宗家的机构出现，将权力进行如此分散，多是被看作是主家衰弱的情况下不得已而为之。鲜有人意识到，这个制度的背后，是秀保权力的进一步膨胀，昔日五大老、五奉行掌握的决策权，正潜移默化地转移到秀保一人手中，与此同时，他身后的暗流似乎也更加汹涌了。