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黄旭现在是帝国的皇上,他虽然仍是军队的最高统帅,但他也不可能事都亲躬，所以，找到一个合适的代言人那是很有必要的，如此一来，整军备战这个重任，自然而然地就落到了曾国藩的头上.
曾国藩被任命为太平军的元帅，负责掌管整个军队的具体事务。
在黄旭的建军思想指引下，在曾国藩的主持下,整个太平大军进行了扩编，大军以军团为主要单位，军团之下是师，师之下是旅，旅之下是团，团之下是营，再连再排，而后到班，最后是列兵。
而每一级按三三编制成军，即三个班为一个排，三个排为一个连，三个连为一个营……以此类推。
普通骑兵,重装骑兵,普通步兵,重装步兵等四个兵种,总计扩编为八个军团,也就是说，每个军种下辖两个军团,而每个也有自己独立的番号，第一,二军团为普通步兵,第三,四军团为重装步兵,五,六军团则为普通骑兵,七八军团为重装骑兵.
步骑的司令官仍然是保平安,副司令官为崔敏，步骑大军也是太平军中人数最多，份量最重的主力大军，保平安与崔敏的责任不可谓不大。
在保平安与崔敏之下，各军团的主官也已确定下来。
第一军团,军团长由崔敏兼任,不设副军团长.
第二军团,军团长卢博,副军团长余震东, 卢博与余震东一直以来的心愿就是能驰骋疆场，为国杀敌。此次，在黄旭的授意下，曾国藩对二人做此任命，卢余二人终于是得偿所愿.
第三军团,军团长胡林翼,副军团长罗泽南
第四军团,军团长曾国华,副军团长彭玉麟
第五军团,军团长曾国荃,副军团长曾三
第六军团,军团长吕擎天,副军团长李开芳,其中,副军团长李开芳是太平军将领中的后起之秀,他是曾国藩慧眼识珠,从最低层提拔起来的优秀将领，被委以重任，那是众望所归.而吕擎天则是军中元老，除了所建战功颇多之外，他还曾经与黄旭兄弟相称，也算是黄旭名义上的一个兄长来的，虽然说。他们谁都没当一回事。也没有多少人知道，但毕竟这也是事实，所以，他做这第六军团的军团长也是实至名归。
第七军团,军团长田小二,副军团长东方不惑,黄旭的这两个兄弟,带领特战分队为国征战多年,不但积累了丰富的实战经验,而且。功勋卓著。所以,既然是龙,那就应该放之于大海,任其遨游,所以,黄旭也愿意给自家兄弟一个机会,让他们去建功立业。
第八军团,军团长陈玉成。副军团长罗大纲, 说起来这陈玉成与罗大纲,那也不是平常的人物,此二人都是太平军中著名将领，特别是陈玉成，他有一个绰号。名叫“疯狗”，意思是说，他这人就是个拼命三郎，打起仗来，那是不要命的主。
步骑总计八个军团，的确算得上是军中主力。
步骑军团之后，得到升格的是弓箭手独立大队，弓箭手独立大队升格为弓箭军团,番号为第九军团,军团长由原主将杨宜清升任,原副将吕擎天已升任第六军团的军团长,所以,副军团长由杨宜清的兄弟傅忠信接任.
弓箭军团也是军中利器，太平军中的又一主力。
除了这两大主力之外，还需大书特书的则是可称之为国之利器的火器军团。
由左宗棠统领的火器军团，在原先那一个军团的基础上,又增设了二个军团,总计是组建起了三个军团,司令官仍然是左宗棠,但不设副司令官，一应大事全都由左宗棠说了算。
三个火器军团的番号分别是,第十军团,第十一军团,第十二军团.
第十军团的军团长由李秀成担任,同样不设副军团长。.
这第十军团也就是原先左宗棠率领的那个火器军团的老底子,也是三个火器军团中综合实力最强的一个军团,而李秀成出任这第一军团的军团长也是最合适的，因为，他在出任大内总事务长及九门提督之前，原本就是火器营的主将，对火器那是非常之熟悉，而且，他为将多年，同样是战功卓著，如果让这样优秀的将领去做一个近侍，那不是暴殄天物嘛，黄旭与曾国藩可不愿意这样干。
而李秀成大内及九门的职务则由关唐接任,本来，关唐也想来军中，但黄旭不让，关唐也只好勉强接受了新的职务，不过，黄旭还是答应他，在合适的时候，他会允许关唐到军中效力，这样一来，关唐也就安心地做他的大内总事长及九门提督了。.
第十一军团军团长为李元度,副军团为胡四儿
第十二军团军团长为刘坤一.,副军团为江忠源.
以前的工兵营升格为工程兵特种师,师长官朱衣点,不设副长官.
后勤保障大队扩编为后勤保障军团,军团长余一龙,副军团长段一虎.
特种作战分队扩编为特种作战大队,总计为三千人,直接隶属于黄旭,由黄旭出任总统领,大队下辖三个分队,每个分队再设三个小队,分队长及小队长由黄旭再委派心腹将领担任.
关键的三个分队长分别由李世贤，韦俊，林凤祥担任.这三人也是太平军中的后起之秀,属于完全效忠于黄旭个人的那种将领.
情报处升为情报部,由姚大洪任部长,刘玉华任副部长.
另外,黄旭还特别组建了一支新的军种,名为海军,黄旭明白,如想征服列强,那免不了要漂洋过海,而要飘洋过海，那就少不了海军。先不说其它远一点的国家,就说这一衣带水的倭国,那如果没有海军,想要战胜他们，那是相当困难的，所以,黄旭开始花大力气组建海军.
而出乎很多人意料之外的是，他将这个组建海军的重要任务交给了他手下的两员文官，李鸿章与骆秉章.
很多人都觉得黄旭这样的任命是晕了头，但是，黄旭却清醒的很。
其实,黄旭以前也还真不知道这二人有这方面的才干,只是由于一次无意间的谈话改变了黄旭的看法。
那是一次非常普通的庭议，黄旭偶尔提起了海军之事,朝中诸臣大多数都对此抱以冷漠的态度,唯有李，骆二人却是侃侃而谈,而且论道之精辟，让黄旭叹为观止。这事给黄旭留下了深刻的印象。所以。当他下决定意欲组建海军的时候，头脑中马上想到的就是这两个人。
所以,当天国真正准备筹备海军的时候,黄旭毫不犹豫地就认命二人出任海军的两大头目,分别以海军司令及海军副司令的身份全权负责海军的一切事宜.当然,这只是他们在海军中的官位,他们军机大臣的身份还在,还是要协助黄旭处理天国的军国大事.
说起军国大事，那就不得不说说这军机处.
军机处就是相当于后来的中常委,是太平天国的核心管理层,负责处理所有的军政要务.
军机处的人不多,除了军机大臣之外,再就是军机章京，军机大臣,那不用说。主角嘛。而这所谓的军机章京。那就是军机处的小儿科了，说的白一点，就是在军机处为皇帝及军机大臣跑腿的,还有一种说叫做军机行走,当然。能在这当跑腿的，那也不是一般的人物，这腿也不是想跑就能跑的。
军机大臣共有六位，曾国藩,赵小锋,李鸿章,骆秉章,王小勇,诸葛吹灯。
前四人,我们再熟悉不过,都是跟随黄旭许久的老人,而且都是黄旭身边的核心智囊,王小勇就更不用提了,那是黄旭的兄弟,而诸葛吹灯其人,却让人有点陌生了.
说起这诸葛吹灯,还有一段往事。
其实，他是黄旭在一次微服私访的过程中发掘出来的人才。
话说这诸葛吹灯在碰到黄旭之前,只是一介泥瓦匠,一番机缘巧合下,他结识了黄旭，从而得以飞黄腾达。
而这诸葛吹灯是如何认识黄旭的呢，这就要从诸葛吹灯泥瓦匠的身份开始说起，这诸葛吹灯与其他泥瓦匠很是不同，别人砌墙是一块叠着一块的往上砌,简单,成本低而且效率又高,而他却不同,他偏要将墙砌成格子状的玩意,四块砖为一个单元,然后这样慢慢往上砌.
而且,他这人还认死理,有些好心的泥瓦匠劝他说,如果他继续如此做为,恐怕没有哪个老板愿意再请他,可是,诸葛吹灯却不以为然,只要有人请他，他就非得这样干不可,所以，最后的结果可想而知。
结果是什么呢，结果就是,慢慢地,请他砌墙的人是越来越少,最后,诸葛吹灯吃饭都成了问题.
不过,这诸葛吹灯却是个十分乐观的人,不是没人请他砌墙吗,那不要紧,他可以为其他的泥瓦匠打下手,做一些简单的粗活,只求温饱.
所以,很多人见他这样,都笑他,说,诸葛吹灯啊,你这人可不咋地,好好的泥瓦匠不当,却要去干那些粗活,真是个榆木脑袋,但诸葛吹灯听后,却只是笑笑,并不以为意,他想啊,这没什么不好啊,他靠自己的双手劳动,养活自己,又没当寄生虫,别人爱怎么说,就由他去吧.
黄旭听说此事之后,觉得这诸葛吹灯还真有点意思,所以,就与他随便交谈了几句,没想,这一谈不打紧,却谈出问题来了.
原来,这一谈,却是谈出了一个大才.
黄旭在与诸葛吹灯交谈的过程之中,发现这人的确是一个不可多得的人才,对很多事情,有自己独到的见解,更难能可贵的是,他不受外界因素的影响,懂得独立思考,坚持真理.
黄旭需要的就是这种人才.
因此,诸葛吹灯就跟着黄旭回了天京。
刚开始的时候，由于是新人,黄旭并没有委他以重任,不过,在后续一系列的事件当中,诸葛吹灯用他的才干证明了他是一个不可多得的宰辅之才,最终让所有人都心服口服,黄旭也乐得顺水推舟,将他提拔为军机大臣,居于这权力中枢,处理军国大事.
说完了这六位军机大臣,再来说说这四位军机章京.
这四位军机章京分别是姚大洪,田小二,刘玉华,以及东方不惑.
黄旭的其他四位兄弟。
这四位兄弟之所以能出任这军机章京,有两方面的原因,一方面,他们的确是才干卓越,而且人也机灵,深受众人好评,另一方面,黄旭也希望这几位兄弟能再多多历练,历练,将来好委以重任,他需要这几位兄弟将来帮他照看这个庞大的帝国呀.
军队整编完了,权力架构也搭建的差不多了,钱不缺,人不缺,粮不缺,可能,黄旭现在缺的就是一块磨刀石,一个机会,那么,谁会有幸成为黄旭的这块磨刀石呢,答案很快就会见分晓.